W nowej wersji programu Płatnik 9.01.001 ZUS wprowadził wiele modyfikacji i nowych funkcji. Nie wszystkie jednak udostępniono płatnikom jednorazowo – przebiega to w dwóch etapach. Należy jednak podkreślić, że udostępnianie płatnikom składek modyfikacji i nowych funkcji w ramach drugiego etapu następować będzie sukcesywnie, czyli nie wszyscy płatnicy w tym samym czasie przystąpią do drugiego etapu.